今年三季度，A股生物医药行业呈现出显著的结构性分化。据Choice数据，第三季度上证指数下跌6.16%，深证成指下跌20.47%，创业板指下跌27.80%。与此同时，申万医药生物指数逆势上涨10.12%，成为市场亮点。不过，医药板块内部涨幅并不均衡，创新药及医疗研发外包（CXO）、生物制品等方向领涨，而中药、化学制药等板块涨幅明显靠后。
个股方面，近岸蛋白和五洲医疗表现突出，自7月1日以来分别累计上涨345.53%和312.44%。相比之下，华兰股份同期下跌39.49%。这种涨跌分化背后是产业景气度与政策预期的双重催化。今年以来，创新药对外授权交易快速增长，叠加《医药工业发展“十五五”规划》出台，推动创新药、CXO等赛道热度持续升温。仿制药企及中小原料药企则加速出清。当前医药板块更多是二级市场对预期的押注，尚未完全转化为实质业绩。
业内人士指出，医药板块内部存量博弈特征明显。政策预期驱动资金持续向有政策催化、有出海预期的赛道集中，缺乏远期定价逻辑的板块可能被边缘化。
三季度申万医药生物逆势上涨10.12%，主要动力来自创新药产业链景气度的持续兑现。国家药监局披露，2026年1-8月，国内创新药对外授权交易总额突破1200亿美元，同比增长36%，接近2025年全年规模。此外，行业利润端明显修复。中银国际证券报告显示，2026年上半年申万医药板块实现营业收入1.26万亿元，同比增长2.21%；扣非归母净利润986.71亿元，同比增长18.85%。尽管如此，细分行业间仍存在较大差异。CXO板块二季度营收同比增长27.73%，扣非归母净利润同比增长66.34%，而传统制药板块则面临集采续约、医保谈判降价等压力，营收同比下降1.52%。
政策端也进一步加剧了这一分化。工信部等十部门联合印发的《医药工业发展“十五五”规划》提出到2030年规模以上医药工业企业营业收入超过3.5万亿元，并加快新技术赋能药物研发。上海市卫生和健康发展研究中心主任金春林表示，规划本质上是政策端推动的一场资源重组。在存量博弈下，资金会持续向有政策催化、有出海预期的创新药、CXO等方向集中，而传统仿制药和流通等缺乏远期定价逻辑的板块可能被边缘化。金春林同时提醒，创新药并非没有风险，其内部也会分化，关键取决于管线中的真实含金量、全球化授权或自主出海的兑现能力，以及现金流自给能力。
从个股表现来看，目前医药板块更多是二级市场对预期的押注。五洲医疗第三季度大涨312.44%，主要由于跨界电机控制芯片领域的战略决策。公司通过发行股份及支付现金的方式收购旋智电子科技（上海）有限公司100%股权，复牌后股价连续录得4个涨停。虽然公司主业出现修复，但收购方案尚未正式落地，股价能否顺利兑现仍需观察并购进展及整合效果。
近岸蛋白的上涨则更多来自概念和政策利好的助推。默沙东与Moderna合作的个性化mRNA癌症疫苗III期临床取得阳性结果，加之《医药工业发展“十五五”规划》将mRNA疫苗写入新型疫苗方向，推动近岸蛋白股价大幅上涨。然而，公司基本面并不理想，2024年、2025年归母净利润亏损逐年扩大，募投项目延期且投入进度缓慢。若后续业绩无法改善，估值回调的压力不容忽视。
华兰股份三季度股价下跌39.49%，反映出市场对公司转型预期的落空。公司通过设立全资子公司布局AI制药，一度推高股价，但随着中报披露及第二大股东减持，股价应声下跌。2026年上半年，公司营业收入下降3.47%，归母净利润下降82.46%，扣非净利润由盈转亏。AI医药业务仍处前期布局阶段，未转化为实质业绩，导致二级市场预期降温。
在行业景气度与政策催化下，生物医药企业纷纷向创新药、AI制药等方向转型，但二级市场的估值不能只靠预期和概念支撑。中泰证券研报指出，创新药及产业链仍是当前医药板块中产业趋势最明确、最具成长空间的子行业，但在前期涨幅扩大后，行情驱动力将从估值修复逐步切换至订单、临床数据和商业化兑现。
