在研究植物次生代谢物的生物活性时，一个始终存在的挑战是：我们很难直观地看到这些化合物进入生物体后，究竟去了哪里，在哪些器官富集，又在哪些区域快速清除。传统的定量分析只能给出某一时间点的平均浓度，却无法回答分子在组织切片上的精细分布问题。
马兜铃酸-CY5.5的设计正是为了突破这一观察局限。将这种具有特征性骨架的化合物偶联上CY5.5荧光染料后，研究人员便获得了一个兼具识别特性和光学信号的探针。该探针在应用中的核心价值在于，它使得利用活体成像系统对化合物进行纵向追踪成为可能。具体而言，给予模型动物该标记物后，在预设时间点通过麻醉状态下的成像，即可无创地获取全身分布概览图。这一流程有效减少了为绘制药时曲线所需的大量平行处死动物操作，在降低实验成本的同时，也提升了数据的个体内连续性。
尽管该技术具有显著优势，但在实际应用中存在一些不容忽视的局限性。首要问题是荧光染料本身的光稳定性。在长时间成像或强光激发下，CY5.5的荧光信号会出现衰减，若不加校正，极易误判为化合物的代谢清除速度加快。因此，严谨的实验设计需包含信号漂白校正组。其次，连接键的稳定性同样关键。若连接子在体内循环过程中被酶解或水解，游离的CY5.5染料便会脱离靶向分子，导致成像信号反映的可能是游离染料的分布，而非原化合物的真实行为。验证这一干扰，通常需要通过高效液相色谱分析血浆或组织匀浆中的标记物完整性。
在当前的科研实践中，此类探针的用途已不局限于简单的示踪。在药剂学基础研究中，它被用于比较不同药物递送体系对化合物靶向性的提升效果。在环境生物学领域，它也被用作模型物，探究芳香族化合物在简单水生生物体中的蓄积倾向。
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